La Cueva Pintada está rodeada por un poblado prehispánico de más de sesenta casas y cuevas artificiales, realizadas entre los siglos VI y XVI. El poblado se ordena siguiendo la línea de menor pendiente de la montaña. En algunas ocasiones las edificaciones se unen unas a otras formando auténticas calles, conformando el primer ejemplo de protourbanismo de un poblado prehispánico.
Las casas son de planta cuadrangular, con una o dos alcobas abiertas hacia el sur, a través de un pequeño corredor de acceso. Cuatro viviendas prehispánicas han sido reconstruidas a tamaño natural, reproduciendo fielmente los distintos elementos que la forman y creando ambientes domésticos que facilitan la recreación de la vida de entonces.